Desde el principio de la existencia de las Iglesias Menonitas en América del Sur (a partir de 1927) se ha fomentado programas de formación de líderes y profesionales para el trabajo en las iglesias en particular y en la sociedad en general.
Esta formación promovida por las iglesias se llevó a cabo, por un lado, en el área de la teología, y por otro lado, en el área de la música. El objetivo era la formación de líderes y obreros para las diferentes áreas de servicio (pastorado, trabajo misionero, alabanza y adoración, educación musical, enseñanza, pastoral juvenil, liderazgo en instituciones eclesiásticas e instituciones para-eclesiásticas).
Para tal efecto se organizaron institutos bíblicos (y otros) con programas de estudios correspondientes a los objetivos arriba mencionados, y se dictaron cursos de corta duración. Algunos pocos tuvieron el privilegio de salir al exterior para estudiar.
Un paso importante en el desarrollo de instituciones de capacitación formal de líderes se dio con la fundación del Seminario Evangélico Mennonita de Teología (SEMT) en Montevideo, Uruguay, en el año 1956. Su programa de estudios contemplaba las dos áreas de capacitación: teología y música.
Cuando este Seminario tuvo que cerrar sus puertas en 1974, parte de la biblioteca y de los muebles fueron trasladados al Paraguay, y en 1977 el Centro Evangélico Mennonita de Teología Asunción (CEMTA) abrió sus puertas en Asunción. Desde 1980 el CEMTA funciona en su propio predio situado en la Ciudad Universitaria de San Lorenzo.
El CEMTA es patrocinado por la Convención de las Iglesias Mennonitas del Paraguay, Brasil y Uruguay, una agrupación de 26 Iglesias. Mantiene relaciones fraternales y de apoyo mutuo con otras iglesias y organizaciones menonitas en el Paraguay, los demás países del MERCOSUR, como también de América del Norte y Europa.
A partir del año 1994 la Convención de los Pastores de las Iglesias Menonitas del Paraguay integra el grupo de entidades evangélicas que patrocinan la Universidad Evangélica del Paraguay (U.E.P.) (creada por ley 404/94). El Departamento de Teología del CEMTA, conjuntamente con el Instituto Bíblico Asunción y el Seminario Teológico Bautista, forma parte de la "Facultad de Teología" de la U.E.P. Ofrece Programas de Estudios en el nivel de Licenciatura ("Licenciado en Teología"), así como también títulos intermedios como "Diploma de Educación Cristiana" o "Diploma en Teología".
El Departamento de Música del CEMTA ha crecido considerablemente desde su inicio en el Paraguay en 1977. La Junta Directiva del CEMTA y la Asamblea General de la Convención las Iglesias Mennonitas resolvieron desarrollar un programa de estudio musical en el nivel de Licenciatura y buscar su integración en la Universidad Evangélica del Paraguay (U.E.P.) como "Facultad de Música".
Con estos dos Programas de Estudio el CEMTA sigue cumpliendo con su misión de preparar a hombres y mujeres para los diferentes ministerios y servicios en las iglesias y más allá de éstas. Esta capacitación se realizará poniendo énfasis en las áreas académica, práctica, de formación de carácter personal y de vida en comunidad, tomando como base toda la Biblia y con un enfoque Anabautista.
